Da Justin favnede kristendommen, holdt han samtidig fast i dele af sin tidligere hedenske filosofi.

• Han tolkede Skriften allegorisk (symbolsk) og mystisk.

• Han hjalp med til at udvikle ideen om en "midlertidig tilstand" efter døden, som hverken var himmel eller helvede. Denne doktrin dannede opstarten til Roms falske lære om skærsilden.

• Justin Martyr lærte, at Guds pagt med jøderne blev erstattet af hans pagt med kirkerne - hvor de kristne nu blev det ny Israel fordi jøderne havde forhærdet deres hjerter (Lee Martin McDonald, Anti-Semitism and Early Christianity, Fortress, 1993).